Zwłaszcza podczas początkowego wdrażania od października 2025 r. do kwietnia 2026 r. podróżni powinni spodziewać się dłuższych czasów przetwarzania na granicy ze względu na nowy proces rejestracji. Zaleca się przybycie do portów, lotnisk i dworców kolejowych wcześniej niż zwykle.[15]
W porcie Dover, terminalu Eurotunelu w Folkestone i terminalu Eurostar na St Pancras, francuskie kontrole graniczne (a tym samym rejestracja EES) będą odbywać się na terytorium Wielkiej Brytanii przed odjazdem.[9] Dla podróżujących samochodem lub autokarem, kierowcy i wszyscy pasażerowie będą musieli opuścić swoje pojazdy, aby skorzystać z kiosków rejestracyjnych. Oczekuje się, że spowoduje to znaczne opóźnienia i zatory drogowe.[9]
EES będzie automatycznie śledzić dni spędzone w strefie Schengen. Dostępne będzie narzędzie online, za pomocą którego będziesz mógł sprawdzić pozostały dozwolony czas pobytu.[9]